Conformément aux dispositions législatives et règlementaires qui le régissent, le FRR est assujetti au plan comptable unique des organismes de sécurité sociale (PCUOSS). Le Conseil national de la comptabilité, dans son avis n°2003-07 du 4 juin 2003 a défini un certain nombre d’aménagements visant à assurer à la comptabilité un maximum de transparence vis-à-vis des tiers dans la restitution de la valeur du patrimoine de l’établissement public.
L’article L135-12 du Code de la sécurité sociale prévoit qu’à partir de l’exercice 2005 les comptes annuels sont certifiés par les commissaires aux comptes avant d’être soumis par le Directoire au Conseil de surveillance et publiés.