Les activités du FRR sont définies autour de trois directions : une direction financière, une direction des opérations et une direction juridique et de la communication. Il existe aussi des fonctions de contrôle indépendantes.
Le FRR est doté d’un agent comptable. Celui-ci est responsable de la tenue de la comptabilité du Fonds, ainsi que de la conservation des pièces justificatives et des documents comptables. Il prend en charge, après ordonnancement par l’ordonnateur, les titres correspondants aux dépenses et recettes du Fonds. Il établit un rapport annuel sur les comptes de l’exercice. Le Fonds est soumis au contrôle financier de l’Etat, ainsi que de la Cour des Comptes, de l’Inspection Générale des Finances et de celle des Affaires Sociales.
Les commissaires aux comptes du FRR sont sélectionnés par voie d’appel d’offres et sont nommés pour une durée de 6 ans. Ils sont chargés de certifier les comptes annuels. Ces cabinets ont également pour mission d’assister le Comité d’audit et des comptes du Conseil de surveillance. Cette instance, prévue par le règlement intérieur du Fonds, est chargée de préparer les délibérations du Conseil de surveillance sur l’approbation des comptes annuels et d’assister le Conseil dans le contrôle des résultats. Le Comité des comptes a été constitué en juillet 2003 et participe au processus de sélection des commissaires aux comptes.